Selagi Nabi Yunus berjuang melawan gelombang yang mengayun-ayunkannya, Allah mewahyukan kepada seekor ikan paus untuk menelannya bulat-bulat dan menyimpangnya di dalam perut sebagai amanat Tuhan yang harus dikembalikannya utuh tidak tercedera kelak bila saatnya tiba. Nabi Yunus yang berada di dalam perut ikan paus yang membawanya memecah gelombang timbul dan tenggelam ke dasar laut merasa sesak dada dan bersedih hati seraya memohon ampun kepada Allah atas dosa dan tindakan yang salah yang dilakukannya tergesa-gesa. Ia berseru didalam kegelapan perut ikan paus itu: “Ya Tuhanku, sesungguhnya tiada Tuhan selain Engkau, Maha sucilah Engkau dan sesungguhnya aku telah berdosa dan menjadi salah seorang dari mereka yang zalim.”
Setelah selesai menjalani hukuman
Allah , selama beberapa waktu yang telah ditentukan, ditumpahkanlah Nabi Yunus
oleh ikan paus itu yang mengandungnya dan dilemparkannya ke darat . Ia
terlempar dari mulut ikan ke pantai dalam keadaan kurus lemah dan sakit. Akan
tetapi Allah dengan rahmat-Nya menumbuhkan di tempat ia terdampar sebuah pohon
labu yang dapat menaungi Yunus dengan daun-daunnya dan menikmati buahnya. Nabi
Yunus setelah sembuh dan menjadi segar kembali diperintahkan oleh Allah agar
pergi kembali mengunjungi Ninawa di mana seratus ribu lebih penduduknya
mendamba-dambakan kedatangannya untuk memimpin mereka dan memberi tuntunan
lebih lanjut untuk menyempurnakan iman dan aqidah mereka. Dan alangkah
terkejutnya Nabi Yunus tatkala masuk Ninawa dan tidak melihat satu pun patung
berhala berdiri. Sebaliknya ia menemui orang-orang yang dahulunya keras kepala
menentangnya dan menolak ajarannya dan kini sudah menjadi orang-orang mukmin,
sholeh dan beribadah memuja-muji Allah s.w.t.
Pokok cerita tentang Yunus
tercantum dalam Al-Quran dalam surah Yunus ayat 98, surah Al-Anbiaa’ ayat 87,
88 dan surah Ash-Shaffaat ayat 139 - 148.